Gastroenterologët theksojnë se edhe pse djathi i përpunuar nuk është i rrezikshëm kur konsumohet rrallë dhe në sasi të vogla, ai mbetet një nga zgjedhjet më pak të favorshme për shëndetin e zorrëve. Llojet shumë të përpunuara – si përzierjet e grira komerciale, fetat me aroma të ndryshme apo djathi i lirë për pica – përmbajnë shumë yndyra të ngopura, kripë dhe emulgatorë. Sipas ekspertëve, këto përbërës ndikojnë në mënyrë të pafavorshme te mikrobioma e zorrëve dhe mund të shkaktojnë fryrje ose shqetësime metabolike. Për më tepër, këto produkte kanë pak kultura bakteriale të gjalla.
Megjithatë, mjekët theksojnë se djathi nuk duhet eliminuar plotësisht nga dieta. Për personat pa intolerancë ndaj laktozës apo alergji ndaj kazeinës, rekomandohet zgjedhja e djathërave të fermentuar natyralisht si çedari, djathi zviceran, Gouda apo format e fermentuara si kefiri-djathë. Këto lloje përmbajnë më shumë baktere të dobishme dhe mbështesin tretjen. Specialistët sugjerojnë që djathi të shoqërohet me ushqime të pasura me fibra për një efekt më të mirë në shëndetin e zorrëve.